“流水不腐”体现了流动水体的净化能力及水质维持能力。但是，有些设计不重视河道的流通问题，对断头浜或者不流通的水体，根据现场情况采取生态护岸、植物构建、强化净化等生态措施，以期达到水质改善的目标。这些措施可能会达到预期的效果，但其稳定性不能保证，且运行维护管理工作量较大，运行费用高。

传统的河道治理本底调查主要收集水文、泥沙、地质、规划、征地移民、地形等方面的资料。河道生态治理除以上资料外，还需要对河道的污染源、水质、水生态、底泥、陆域植物群落、水工构筑物调度运行等资料进行收集，必要时还需对水质，水生态、底泥等开展补充监测和调查。目前，大部分河道生态治理时很少对河道本底进行全面调查，至多收集水质方面的资料，对其余资料收集较少，或者收集不到相关的资料，而补充调查费用较高，建设方不愿意承担。

生态河道建设中，采用了许多新型建筑材料来替代传统的水泥和混凝土构建护岸或挡墙，在提高河道美观效果的同时，也增加了水陆系统的交互性，体现了新材料的生态亲和性。亲水性材料多种多样，主要有天然材料（木桩、柳枝、土坡等）、生态织物（生态袋、椰壳纤维毯等）、格宾网，土工合成材料（土工格栅、土工网等）、多孔性生态砌块等，这些材料外形及特征均不相同。有些设计在河道穿越农村段采用较为刚性的护岸材料，使河道看起来较为生硬，与周边地块景观不相容；而在城镇区域的护岸中使用柳枝等材料，虽然生态性较好，但是城镇人口密集，安全性相对较差。